淘宝被扣除保证金，要想申诉的话，其方法是比较简单的，可以手机登陆千牛app，然后登陆【千牛卖家中心】-【客服服务】-【申诉中心】进行申诉。也可以进入主页面后，点击【全部】，之后点击【商家保证金】，找到需要申诉的保证金，点击申请投诉即可。

当然一般被恶意下单被扣除保证金才能申诉，其他行为是不能申诉的，比如以下这些行为是不能申诉的（就算可以申诉，可能也无法申诉成功的）：

1、和消费者产生交易纠纷，如果消费者维权成功，但商家拒绝为消费者做售后服务，或是不及时给消费者做售后服务的情况下，淘宝将使用卖家的保证金，对消费者进行保证金赔付，一旦赔付产生后，若商家支付宝余额足够补缴，系统会自动冻结相应金额进行保证金补缴。具体点击账单明细中的具体订单ID或者处罚ID就能查询具体交易或者违规情况。

2、淘宝店铺售假会被扣保证金，根据情节严重程度来扣除保证金的金额。