书接上文：有着与人类相同的样貌，但是却只能靠吞食人类的血肉才能够存活的存在“喰种”。为了保护人们免遭他们危害而设立的“CCG”（喰种对策局），组建了一支被称为“库因克斯”的小队。他们由一群经过特殊手术之后获得了喰种能力的人类所构成，作为导师统管该小队的佐佐木琲世，不知出于什么原因没有两年以前的所有记忆。然后他身上，有一个CCG内部人员广为知晓的秘密。库因克斯成立之后没多久，就频繁发生与只侵害女性并且只捕食躯干部位的喰种“TORSO”有关的事件。就在CCG积极搜查之时，库因克斯的班长－瓜江久生开始了独自搜查，小队成员知吟士也顺势与其一起行动。随后一名自称掘千绘的自由摄影师找到了他们两人并称自己可以提供情报，然而她却要求拿和他们有关的“某样奇怪的东西”作为报酬

在库因克斯的成员六月透奋不顾身的追踪之

下，TORSO被及时赶到的瓜江、不知逼入了死角，无路可逃。但就在这时，一个被称为大蛇的喰种突然出现，局面随之逆转。稍微晚到了一会的琲世前来增援，他单独一人与大蛇对抗，但大蛇是被指定为“S～（S以上）级”危险度极高的喰种。琲世因为他那恐怖的实力而陷入苦战。为了保护部下们，琲世决定倾全力战斗，但那样需要解放他体内那份过于强大、甚至自己都难以驾驭的“喰种之力”

一心想着要在CCG内往上爬的瓜江，为了获得更加强大的力量，通过伪

造自己上司琲世的许可，从而接受了提升自己体内的赫子的运转等级的手术。另一方面，库因克斯班和由精英搜查官铃屋什造率领的铃屋班，开始一起执行对一个被称作“胡桃夹子”的喰种的联合搜查。接着他们得知，胡桃夹子为了在与SS级喰种“Big Madam”有关的拍卖会上展出商品，正在不断绑架人类，对象主要为年轻女性

由于六月顺利地从胡桃夹子那里套出了情报，众人得知了下一次拍卖会的概要情况。CCG内部决定借此机会展开大规模的喰种讨伐作战，让六月以及自愿报名的什造作为商品潜入会场。当天，会场内充斥着各式“商品”、顾客、还有Big Madam雇来当保镖的青桐树成员。被逼和什造分开，并且断了与外界联系的六月，怀着不安，就那样被带去拍卖会…

由于什造的奇袭，整个拍卖会场陷入一片混乱。在外面待机的“CCG”部队借此机会纷纷冲了进去。在大乱战之中，六月总算是成功逃了出来，然而侍奉月山家的喰种，叶·冯·罗斯华尔德却对他穷追不舍，将他逼入了绝境。紧接着琲世和库因克斯班赶到了六月身边，但是…！？另一边，正在执行讨伐作战的CCG搜查官们，在面对实际战力比报告中记载的更强的胡桃夹子，以及一个“半喰种”，被称为“枭”的青桐树成员时，被迫陷入预料之外的苦战之中。

脱离战线的六月和负责保护他的瓜江，发现了许多

企图通过暗道逃亡的喰种。他们和从另外一条路寻来的什造一起，进入了战斗。阻挡在他们面前的是，与什造渊源颇深的Big Madam。另一边，原本和不知等人一起负责驱逐胡桃夹子的绯世，在作战总指挥准特等搜查官·和修政的命令之下，独自一人留下与拦住去路的枭对峙。枭是琲世的上司真户晓以前的同僚泷泽政道，他在经过喰种化手术之后变成了那副模样。他在看到境遇与自己相似的琲世之后，展露出了对抗意识，并向他发起了猛攻。

突击拍卖会场的喰种讨伐作战和同时进行的CCG移送车辆的护卫全部结束。结果不论是搜查官还是喰种都出现了众多伤亡，绯世提出要求，取得了了解“过去的自己”的喰种少女笛口雏实的“所有权”。在本次作战中表现出色的库因克斯班，与同样被评有功的其他搜查官们一起获得了升迁，随后绯世邀请了上司晓以及私交甚笃的特等搜查官有马贵将，准备举办一次庆祝成员们升迁的家庭聚会。但是，在聚会当天，某位熟知绯世体内的另一个人格金木研的人物，给他寄来了一个奇妙的礼物——一份眼罩和一本书。

CCG开始对由大量绑架犯组成的喰种集团“蔷薇”进

行搜查。然而他们接受过精密的训练，作案几乎不留痕迹。CCG始终未能找到能逼使他们现身的有效手段。就在搜查工作迟迟没有进展的时候，绯世从寄给自己的面具中得到启发，想到了一条计谋。另一方面，在之前的拍卖会上对六月出手的叶，在看到自己的主人月山习因为巨大的丧失感而患上心病的样子后，感到心痛无比。紧接着月山的友人掘千绘找到了叶，并向他提供了一个拯救月山的作战计划。

月山看到了掘千绘送来的关于绯世的照片，得知了“

金木研”仍然活在世间，于是便欢天喜地地前去找他。但是绯世已经失去了作为“金木”时的记忆，没有认出月山。与此同时，CCG的木岛式将拷问因玫瑰一案而被捕的月山家佣人悠马的视频上传到了社交网站上。那令人震惊的图像不仅给月山家的佣人们带来了冲击，连绯世以及因为胡桃夹子一案而心生迷茫的不知等CCG的内部人员，都对此产生了反对意见。月山想要设法救出悠马，他打算去寻求身为CCG搜查官的绯世的协助，然而……

为了对依然未能掌握全貌的蔷薇进行搜查，绯世想出了利用库因克特性的“面具作战”。同一时间，为了从喰种们那里获得情报，库因克斯班的成员们假扮成喰种。但是在进行搜查的过程中，绯世得知原来还有一种连喰种害怕的“眼罩喰种”的存在，并开始想要调查关于它的详细数据。接着，在CCG的资料室中，绯世发现了已经殉职的搜查官亚门钢太朗所遗留下的一份报告……就在此时，在木岛构想出的新策略之下，有关蔷薇的搜查有了极大的进展。

CCG终于闯入了府邸，逼使全部人投降。千钧一

发之际，月山和亲信松前一起逃了出去。一想到有许多人赌上自己的生命，只是为了要让他存活下去，月山深切体会到了作为“当家”的责任。而此时，绯世以“CCG搜查官”的身份，拦住了月山的去路……另一边厢在月山家驱逐作战中，与伊东仓元所率领的伊东班会合的库因克斯班，遇见了一个被称为野吕的喰种。面对拥有惊人再生能力的野吕，库因克斯班使出了用胡桃夹子的赫子制作出来的武器对战，然而……！？

同伴们一个接一个地在同野吕的战斗中倒下，不知

仍然顽强地奋力死战。看到他的身影，瓜江拼命地试图站起来。两个人使出浑身力量发动的攻击命中了野吕。另一边，叶在月山陷入绝境时及时赶到，并发动了如同怒涛一般的猛烈攻势，但是她遭到了开始取回“金木”记忆的绯世的反击，受了重伤。就在此时，被称为“独眼之枭”的半喰种干支突然出现，并不断散布她的恶意。也鼓起了最后的力气，然而……接着，绯世终于完全觉醒成了“金木”—— 这一季就给大家结束了，最后马上迎来东京喰种最后一季！