员工被公司辞退是不会进档案的，用人单位辞退员工的行为是可以根据自己的生产经营情况来处理的，或者员工存在违反工作纪律的情况，相关情况是不属于违法行为的，不存在进档案的情况。另外，公司还应当出具解除劳动合同证明。

　　解除劳动关系应当履行下列具体程序

　　（一）由解除决定人（单位主管、劳动者）递交解除申请书；

　　（二）人事部门填写《解除劳动合同审批表》并报主管审批；

　　（三）通知所在部门及职工办理工作交接并交回工具设备等；

　　（四）有关部门与职工办理结算工资福利和其他未了事宜等；

　　（五）职工在结算工资和发放经济补偿的财务手续签字领取；

　　（六）给职工办理党、团、工会组织关系和档案等转移手续；

　　（七）给职工办理社会保险转移单和公积金转移手续等事项；

　　（八）给职工开具《解除劳动合同证明》。

　　法律依据

　　依据《劳动合同法》

　　第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。

　　劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。

　　用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。