饿了么商家取消订单没有惩罚。饿了么商家取消订单是属于商家自己在饿了么平台的权利，其受主要因素影响无法完成其用户订单，向用户拨打电话说明情况并取得谅解后即可，饿了么平台并没有针对这种行为的惩罚方式。

饿了么取消订单的情况：

1、商家可以在系统里订单处点击取消订单，平台会自动退款给用户。在取消订单时，可选择取消的理由，如果是平台责任，之后通过定责规则赔付给商家，商家主动跟客服联系并提供证据会提高赔付概率。

2、用户主动取消订单。一分钟内取消订单：系统自动通过，无需商家操作，不会影响店铺质量。下单超过一分钟且骑手未取餐。如果用户取消订单时，商家未出餐，可以同意退款。如果商家已经出餐可以拒绝请求。

3、骑手已经取餐，在配送途中，用户取消订单。在配送超时（配送时间55分钟以上）、无人接单（30分钟无人接单）等情况造成的用户取消订单时，建议商家先跟用户沟通好：取消时一定要备注是配送原因。商家在后台看到取消订单的原因都无错后，可以先同意退款，随后在后台申请餐损，平台会自动根据系统的记录判责对商家进行赔付。